种质库支撑发表石鸡基因组重测序好种群基因组分析

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石鸡（Alectoris Chukar）是世界上地理分布最广的鹧鸪物种，对各种生态环境表现出非凡的适应性。然而，遗传资源的匮乏阻碍了石鸡的适应性进化和分子育种研究。在这项研究中，我们测序并组装了一个高质量的，分阶段的石鸡基因组，它由31对相对完整的二倍体染色体。BUSCO分析报告了高完整性评分96.8%和96.5%，相对于普遍的单拷贝同源物和低重复率（0.3%和0.5%）用于两个组件。通过对六个亚种的重测序和种群基因组分析，整理了基因型数据，强调了石鸡在干旱和高海拔环境下的适应性进化。这些数据将为研究石鸡如何适应进化以应对沙漠化和高山气候做出重大贡献。

 

图1 石鸡样品分布地。从12个不同的地点获得了Pubescens（橙色），potanini（红色），pallida（绿色），falki（蓝色），pallescens（棕色）和domestic（粉红色）样品，包括阿克塞（AK）、昌吉（CJ）、东大山（DD）、贺兰山（HL）、景台（JT）、库尔勒（KE）、曲子（QZ）、苏北（SB）、铜川（TC）、武都（WD）、西藏（TB）、揭阳（DOM）。横轴表示经度，纵轴表示纬度。

 

图2 石鸡基因组组装及系统发育关系图。(a) 石鸡照片。(b)主程序集和相关程序集的同步映射

 

 

图3 石鸡单倍型基因组的BUSCO评估直方图。

发布者：谢林哲

发布日期：2024-12-03

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