长纯合片段在猪驯化和育种中的作用

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家猪驯化之后分别向大体型和小体型近交系两个方向选育，以满足农业生产和生物医药模型的需求。驯化中的瓶颈效应、强烈的人工选择和近交过程等导致基因组有害突变和长纯合片段（ROH）的积累，进而增加了近交衰退的风险。这些过程使得家猪成为研究近交衰退的理想模型。

为了理解家猪近交衰退的遗传基础，本研究整合了大量公共数据，评估了ROH对经济性状、基因表达和个体存活的影响。研究发现，ROH显著影响阴囊疝易感性和生长性状，基因表达层面的近交衰退存在组织特异性（图1）。同时，本研究利用ROH缺失在中畜五指山小型猪近交系中推断了隐性纯合致死突变，发现相关突变主要富集到嗅觉受体基因。相关研究成果为家猪的育种工作提供了参考。

该研究以The effects of runs-of-homozygosity on pig domestication and breeding为题发表于BMC Genomics。中国科学院昆明动物研究所博士生陶林和刘行为并列第一作者，中国科学院昆明动物研究所张亚平研究员、谢海兵副研究员和中国农业科学院北京畜牧兽医研究所冯书堂研究员为论文的共同通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、云南省科技厅和春城计划等的资助和中国西南野生动物种质资源库的支持。

 

图1 ROH对基因表达的影响

 

原文链接：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-024-11189-y

发布者：陶林

发布日期：2025-01-08

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