动物种质资源是我国生命科学领域首个国家重大科学设施中国西南野生生物种质资源库的组成部门，重点采集保藏我国及周边地区野生动物、家养及野生近缘种资源，同时为国内外科研机构提供资源存储、技术支持、资源共享等开放共享服务，进一步提升馆藏资源价值。动物种质资源库2024年度对外服务取得显著公益效益。

【技术服务】

2024年举办资源采集培训班1次，培训50人次。

8月25日-29日，“2024年云南省专业技术人才知识更新工程高级研修班--动物种质资源采集保藏管理要求与实操”在云南昆明成功举办。本次培训班由中国科学院昆明动物研究所主办、中国西南野生生物种质资源库动物种质资源库承办、云南省高黎贡山生物多样性重点实验室和云南省畜禽分子生物学重点实验室协办。来自省内11个州市45个单位50名相关从业人员参加了培训。

“2024年云南省专业技术人才知识更新工程高级研修班”合影

【咨询服务】

2024年接待参观来访单位20余家单位

来访单位有泰国农业大学、中国农业大学、云南大学、集美大学、西藏农牧学院、云南地病所、浙大一院、清华长庚医院等20余家。主要提供资源库建设咨询、资源委托存储、第三方存储、原代细胞培养、困难样本提取、杂交捕获、红原鸡鉴定等服务。

【资源共享】

2024年共支持发表17篇SCI论文，1篇北大中文核心论文，获批1个软件著作权。

服务案例1

服务时间：2021.01.28-2024.02.01

服务对象：嘉应学院

服务类型：提供资源

成果：以“De novo Phased Genome Assembly, Annotation and Population Genotyping of Alectoris Chukar”为题发表于Scientific Data期刊

成果简介：

石鸡（Alectoris Chukar）是世界上地理分布最广的鹧鸪物种，对各种生态环境表现出非凡的适应性。然而，遗传资源的匮乏阻碍了石鸡的适应性进化和分子育种研究。在这项研究中，我们测序并组装了一个高质量的，分阶段的楚卡基因组，它由31对相对完整的二倍体染色体。BUSCO分析报告了高完整性评分96.8%和96.5%，相对于普遍的单拷贝同源物和低重复率（0.3%和0.5%）用于两个组件。通过对六个亚种的重测序和种群基因组分析，整理了基因型数据，强调了石鸡在干旱和高海拔环境下的适应性进化。这些数据将为研究石鸡如何适应进化以应对沙漠化和高山气候做出重大贡献。

图1 石鸡样品分布地。从12个不同的地点获得了Pubescens（橙色），potanini（红色），pallida（绿色），falki（蓝色），pallescens（棕色）和domestic（粉红色）样品，包括阿克塞（AK）、昌吉（CJ）、东大山（DD）、贺兰山（HL）、景台（JT）、库尔勒（KE）、曲子（QZ）、苏北（SB）、铜川（TC）、武都（WD）、西藏（TB）、揭阳（DOM）。横轴表示经度，纵轴表示纬度。

图2 石鸡基因组组装及系统发育关系图。(a) 石鸡照片。(b)主程序集和相关程序集的同步映射

图3 石鸡单倍型基因组的BUSCO评估直方图。

服务案例2

服务时间：2020.07.02-2024.05.01

服务对象：中国科学院昆明动物研究所

服务类型：提供资源

成果：以“Historic dog furs unravel the origin and artificial selection of modern Nordic Lapphund and Elkhound dog breeds”发表在Molecular Biology and Evolution期刊

成果简介：由于创始种群已经灭绝，对现代犬种的起源和极端形态进化的研究很少。动物种质资源库协助研究团队获取国外标本。研究团队在这里分析了8个100-200年前从瑞典北部传统服装中获得的狗毛样本，以探索现代北欧拉普猎犬和麋鹿猎犬品种的起源和人工选择。

通过与瑞典KTH大学Peter Savolainen教授研究团队开展国际合作，从北欧拉普兰地区博物馆中的八件约100-200年用狗皮制作的大衣、手套等物件中提取aDNA。利用二代测序技术获得全基因组数据后，与全球多个犬种进行基于SNP的系统发育关系分析，证实了北欧多个狐狸型犬种（如，芬兰拉普猎犬、挪威驯鹿犬）均来自于这八件皮张样本所代表的北欧“土狗”。同时，outgroup-f3分析显示它们的祖先最早由欧洲大陆迁徙而来。此外，经过基因交流分析发现这八件皮张样本所代表的北欧“土狗”与欧洲狼普遍存在基因交流。随后，通过选择信号分析发现北欧狐狸型犬种在品种培育的过程中，与耳型相关的MSRB3基因受到了强烈的人工选择，与其犬种标准中定义的直立耳型有着高度的吻合。最后，研究团队通过与云南大学王璐教授研究团队开展合作进行细胞与分子学功能实验，发现了MSRB3基因通过与3‘UTR区域结合的miRNA调控表达，最终影响家犬耳型直立与否的遗传机制。

图（A）皮张样本与北欧现代犬种的系统发育关系；（B）北欧现代犬种的遗传起源分析。

【项目支撑】

服务时间：2021.09.01-2024.10.30

服务对象：科技部重点研发计划（2022YFC2602500）

科技部基础资源调查专项（2021FY10020300）

云南省重大科技专项计划（202102AA310055）

云南省重点研发计划（202103AC100003-1-5）

服务类型：资源与数据保藏服务

成果：高黎贡山动物资源共享平台上线

成果简介：

高黎贡山位于生物多样性热点交汇区，生物种类丰富。其种质资源受人类活动和气候变化影响而减少，亟需调查保藏。依托国家设施，通过项目集成建设了“高黎贡山动物资源共享平台”，该平台制定技术规范，并一式一份接收处理保存项目内采集的动物遗传材料，一备一用多设备储存确保资源安全。

该平台包含平台介绍、资源分布、规范模板、科研进展、科学传播模块。其中资源分布模块可视化展示项目资源类群、数量、分布情况，可按类群、物种、资源类型、负责人等在线检索资源信息，同时可预览资源照片。截至2024年12月31日，该平台共收集165科580属930种，其中标本信息5500余条，组织样品信息6800余条，DNA条码数据4500余份，图片4000余张。

高黎贡山动物资源共享平台